上海市公共衛生臨床中心盧洪洲教授與轉化醫學國家重大科技基礎設施（上海）陳賽娟院士領銜的聯合攻關團隊，對上海市公共衛生臨床中心在2020年1月20日至2月25日期間收治的326例新型冠狀病毒肺炎病人的臨床癥狀、免疫檢測、病毒學數據進行全面深度分析后發現，自2019年年底到今年年初，病原體可能已較為廣泛地存在人群中。在疫情發生時華南海鮮市場并非最初的發生地，病原體很可能在更早的時候從共同的祖先的多個分支獨立傳播擴散，最終形成這次暴發。5月20日，《自然》雜志在線發表了該項研究成果。
研究團隊高質量完成了112例新冠病毒基因組測序、組裝和解析。從病毒基因組序列的進化樹分析發現，新冠病毒主要有Clade I和Clade II兩個分支。經研究確認，有華南海鮮市場接觸史的6名患者均集中在Clade I分枝上，而Clade II患者則無該接觸史。此結果提示，新冠肺炎疫情的發生并不局限于華南海鮮市場。
之后，研究團隊通過對疫情暴發的不同時間階段和不同區域患者的新冠病毒基因序列（截至2020年3月初）變異特征進行比較分析，從上海病例分離的病毒基因組中識別了169個堿基改變，其重復出現的突變與已公布的病毒序列一致，呈現較為穩定的進化過程。該結果提示，新冠病毒可能在疫情早期就已適應在人類宿主中傳播。
研究團隊還發現，新冠病毒肺炎患者淋巴細胞明顯減少，尤其是重癥患者CD4+和CD8+ T淋巴細胞減少最為明顯，淋巴細胞下降水平與疾病嚴重程度息息相關，且重癥患者與炎性細胞因子血清白介素（IL-6和IL-8）水平明顯升高有密切聯系。這表明，新冠病毒肺炎疾病嚴重程度主要與患者年齡、基礎疾病及淋巴細胞減少和相關的細胞因子風暴密切相關。依據上述臨床資料分析采取早期針對性干預措施，將有助于阻止疾病的進展。
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